Les deux frères font leur retour pour une nouvelle aventure maritime ! Montez en compagnie de Mario et Luigi à bord du Navisthme (mi-île, mi-navire) et partez à la découverte du vaste monde de Connexia. Montez dans le canon du Navisthme et propulsez-vous vers des îles variées qui abritent aussi bien des forêts tropicales que des villes pleines de vie et où des quêtes vous attendent.