D’étranges failles sont apparues à travers Hyrule et ont causé la disparition de ses habitants… ainsi que d’un certain épéiste. C’est désormais à la princesse Zelda qu’il revient de voler au secours de son royaume. Faites équipe avec la mystérieuse fée Tri et utilisez les pouvoirs du sceptre de Tri pour apprendre comment créer des reproductions, aussi appelées échos, de toutes sortes de choses. Vous pourrez ensuite créer ces échos à volonté pour résoudre des énigmes et affronter vos ennemis.